Obecně se používá v různých mikroskopůch, což umožňuje snadnější pozorování různých fluorescenčních jevů. Mezi obvykle používané mikroskopy jsou fluorescenční mikroskopy, lasery, skenovací kofokusní fluorescenční mikroskopy (LSCM), kofokusní mikroskopy a celovnitřní reflexní fluorescenční mikroskopy (TIRFM). Používá se především v oblasti věd o životě a biomedicíny, jejíž hlavní úlohou je oddělení a výběr spektra charakteristického pásma excitačního světla a emitující fluorescence látky v systémech analýzy biomedicínské fluorescence.